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司法机关是行使司法权的国家机关。狭义仅指法院，广义还包括检察机关。在资本主义国家，司法机关与立法机关、行政机关互不从属；在社会主义国家，司法机关从属于国家权力机关而相对独立于其他国家机关。
法院行使司法权，主要审理民事案件、刑事案件、行政案件和选举案件等。法院包括普通法院、行政法院、特别法院、军事法院等。中国的法院包括最高人民法院、地方各级人民法院和专门人民法院。各国的审级制度有所不同，有三级二审制（如前苏联）、三级三审制（如法国）、四级三审制（如日本）等。中华人民共和国实行四级二审制和法院独立审判、法律面前人人平等、公开审理、被告有权获得辩护等原则。各国法官的产生，或是由国家元首或大法官任命；或是由立法机关、法官委员会、选民选举。中国的法官一般由各级权力机关选举产生。西方国家大多实行法官终身制、专职制、高薪制和退休制。
检察机关的职责是代表国家对刑事案件提起公诉，追究被告人的刑事责任，并监督审判活动等。但是有的国家不独立设置检察机关，将检察官附属在法院系统内，或归属司法行政机关领导。有些国家对检察官实行一体化原则，所有检察官受总检察长领导。担任检察官一般有严格的资格限制，有的国家规定在其任命之前须任辩护律师或法官等职若干年。西方国家的总检察长一般由内阁任命。检察官的任命按国家公务员的规章办理，享有与法官同等的法律保障。中国的检察机关是从属于国家权力机关，独立于其他国家机关的法律监督机关，与法院平行。检察人员由各级国家权力机关任免，检察长的任免报上级国家权力机关批准。
我国的司法机关主要是 具有侦察，检察，审判，监管职能的机关。
